La presencia humana en Fuentes de Le贸n est谩 constatada en diversos yacimientos.
En la cueva del agua, apareci贸 en 1983 un enterramiento neol铆tico datado en el 3500 a. C., se trata de una mujer, cer谩mica, y diversos grabados. Existi贸 tambi茅n presencia celta en diversos asentamientos como la Sierra de Castro, la zona de Hoyos o la Sierra de la Madrona.
La dominaci贸n romana dej贸 su huella en estas tierras, se han descubierto mosaicos, inscripciones funerarias,columnas, y cer谩mica, lo que hace pensar en un peque帽o asentamiento entre los siglos III y IV.
Queda tambi茅n patente la presencia 谩rabe en estos entornos, donde encontramos el Castillo del Cuerno. Esta presencia se mantuvo hasta 1247-48 cuando es conquistada por tropas cristianas y entregada a la Orden de Santiago, momento desde el que se asienta y funda la poblaci贸n tal y como hoy la conocemos.
La historia de la villa permanecer谩 ligada a la Encomienda Mayor de Le贸n a la que perteneci贸 hasta 1873.
Desde 1833 pertenece al Partido Judicial de Fregenal de la Sierra, dejando de pertenecer desde entonces al Concejo de Sevilla. En el censo de 1842 contaba con 722 hogares y 2920 vecinos.